على الرغم من الاستخدام شبه اليومي له في العديد من الأطباق المنزلية، إلا أن الكثير من فوائد الزعتر مخفية عنا.
فأزهار الزعتر وأوراقه وزيوته كلها لها استعمالات علاجية، وحدها أو مخلوطة مع أعشاب أخرى؛ بسبب احتوائها على معادن وفيتامينات ضرورية لحياة صحية. وهناك طرق عديدة لاستعمال الزعتر في الطعام؛ كإعداد الشاي بالزعتر، أو في الشوربات والصلصات، أو البهارات، أو حشو الدجاج والسمك واللحم.
أما طريقة استعمال الزعتر علاجياً، فتتم عبر تناوله عن طريق الفم في حالات التهاب القصبات الهوائية، والسعال الديكي، والتهاب الحلق، والمغص، والتهاب المفاصل، واضطرابات المعدة، بالإضافة إلى آلام البطن، والإسهال، والتبول الليلي، والاضطرابات الحركية في الأطفال (dyspraxia)، والنفخة، وعدوى الدودة الطفيلية، والمشكلات الجلدية، وتحفيز الشهية، ويمكن أيضا استعماله كمدرّ أو مطهر للبول.
كما يستعمل بعض الناس الزعتر بشكل مباشر على الجلد، كما يفيد مضغه وبلعه في حالة بحة الصوت، وتورم اللوزتين، وتقرحات الفم، ورائحة النفس الكريهة.
ويُستعمل أيضا زيت عشبة الزعتر كمعقم (قاتل للجراثيم) في غسول الفم والمراهم، وأيضا لعلاج الصلع عبر وضع معجونه على فروة الرأس ( يفيد عند البعض فقط)، وفي الأذنين لمكافحة العدوى البكتيرية أو الفطرية. ويستعمل الثايمول (Thymol) وهو مركب كيماوي في الزعتر مع مركب كيماوي آخر (chlorhexidine) كمستحضر للأسنان لمنع التسوس.